Segundo os historiadores, em 1530, D. João III, rei de Portugal, reconhecendo que o sistema de "exposições" para guardar as costas do Brasil exigia grandes sacrifícios e não apresentava resultados satisfatórios, por falta de pontos onde se provesse de mantimentos e de homens, resolveu fundar uma colônia nas margens do rio da Prata, donde Caboto acabava de voltar, mal sucedido.

Para levar a bom término esse intento, mandou organizar uma frota composta de 2 naus, 1 galeão e 2 caravelas, tendo como tripulantes e passageiros cerca de 400 pessoas.

Por força de uma Carta Régia datada de 20 de novembro de 1530, D. João III confiou a direção dessa frota a Martim Afonso de Souza, dando-lhe poderes extraordinários, entre os quais, o de "tomar posse e colocar marcos em todo o território até a linha demarcada".

A frota zarpou do porto de Lisboa em 3 de dezembro de 1530, chegando à baía de Todos os Santos, depois de desmembrada de uma parte que se dirigiu para o norte, em 13 de março de 1531. No dia 17 deste último mês, Martim Afonso de Souza reiniciou sua viagem para o sul. Passados dias, após contornar o Cabo Frio, fundeou no "Costão", em frente ao antigo "Morro do Sambaqui", hoje conhecido pelo nome de "Morro do Canto", situado próximo à "Barra Nova".

Nesse local, encontrou Martim Afonso de Souza regular número de índios da tribo dos Tamoios, obedientes à chefia de um índio denominado "Sapuguaçu". Habitavam os índios em choças construídas em troncos de árvores e cobertas com palhas de tábua ou pita. Suas embarcações, feitas de um só tronco, eram ligeiríssimas, causando pasmo aos devassadores, a rapidez e perícia com que eram dirigidas.

Abastecidos os seus navios, de água, lenha e frutos nativos, prosseguiu Martim Afonso de Souza sua viagem, abandonando as plagas de "Socó-Rema", denominação dada pelos indígenas, segundo reza a tradição, à zona lacustre, em virtude da existência nela observada de numerosos bandos de aves pernaltas, conhecidas pelo nome de socós.

Quatro anos após essa visita, o rei D. João III, buscando uma solução menos dispendiosa para o problema de colonização do Brasil, resolveu dividi-lo em Capitanias Hereditárias.

Foi devido à concretização desse desejo real que as terras do atual município de Saquarema, no ano de 1534, passaram a pertencer a Martim Afonso de Souza, por se encontrar dentro dos limites fixados para a Capitania de São Vicente, a ele doada nesse ano.

Formação Administrativa

Freguesia criada com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema por Alvará de 12-01-1755, subordinado ao município de Cabo Frio.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema.

Pela Lei Provincial n.º 238, de 08-05-1841, foi desmembrado de Cabo Frio. Constituído do distrito sede. Instalado em 13-11-1841.

Pelo Decreto Provincial n.º 1.128, de 06-12-1859, a Vila de Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema foi extinta sendo seu território anexado ao da vila de Cabo Frio.

Elevada novamente à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora de Nazaré de Saquarema, pelo Decreto Provincial n.º 1.180, de 24-07-1860, com território desmembrado dos municípios de Cabo Frio e Araruama. Reinstalada em 29-01-1861.

Elevado à condição de cidade e sede do município com a denominação de Saquarema pelo Decreto Estadual n.º 28, de 03-01-1890.

Pela Deliberação Estadual de 25-07-1891 e pelos Decretos Estaduais n.º 1, de 08-05-1892, e n.º 1-A, de 03-06-1892, são criados os distritos de Mato Grosso e Palmital e anexados ao município de Saquarema.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 3 distritos: Saquarema, Mato Grosso e Palmital. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto Estadual n.º 641, de 15-12-1938, o distrito de Palmital passou a denominar-se Bacaxá.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 3 distritos: Saquarema, Mato Grosso e Bacaxá.

Pelo Decreto Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, o distrito de Mato Grosso passou a denominar-se Maranguá.

Pelo Decreto n.º 1.577, de 22-01-1946, o distrito de Maranguá passou a denominar-se Sampaio Correia.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído de 3 distritos: Saquarema, Bacaxá e Sampaio Correia.

Em divisão territorial datada de I-VII-1960 o município é constituído de 3 distritos: Saquarema, Bacaxá e Sampaio Correia. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.