Em 1936, o lavrador Pedro Paca vindo do Estado do Pará veio fixar residência à margem esquerda do Ribeirão São Bento, no então Município de São Vicente do Araguaia, atual município hoje conhecido com o nome de Araguatins.

Nesse ponto, distante 40 km da sede do Município, além do lavrador Pedro Paca também veio residir neste local o ilustre Professor Manoel Filgueiras e o Farmacêutico Mariano Rocha, todos eles imbuídos do espiríto de progresso, plantando pequenas roças e cuidando também pelo desenvolvimento urbano daquele aglomerado rural que aos poucos começava a se transformar em Povoado.

O solo fértil e a densa mata repleta de mogno, madeira nobre de largo uso nas indústrias do sul do País, fez incrementar o desenvolvimento do Povoado que, devido localizar-se às margens do Ribeirão São Bento, passou a chamar-se Lagoa de São Bento.

Em 1958, foi erguida aide Distrito, com o nome de Distrito de São Bento, do município de Araguatins, vindo a instalar-se em 18/05/1965.

Como Distrito, o primeiro Sub-prefeito foi o cidadão Vanor da Costa Parreão; como Juiz de Paz, Eurico Rodrigues Miranda e como primeiro vereador Antonio Figueira, representando o Distrito de São Bento junto à Câmara Municipal de Araguatins; como Delegado do Municipal de Polícia o 1º a ocupar tal cargo foi Manoel Flandeiro, que exerceu o cargo com dignidade e honestidade.

Os movimentos separatistas começaram a ganhar terreno; o vereador Antonio Figueira lutou à Assembléia Legislativa do Estado de Goiás para conseguir a elevação e emancipação do Povoado, era cedo, faltava promulgar a nossa Constituição do Brasil.

Pela Lei Estadual nº 251/91, de 20/02/1991, o Distrito de São Bento foi desmembrado do Município de Araguatins e elevado à categoria de Município com o nome de São Bento de Tocantins.

Em 03/10/1992, foram realizadas as eleições Municipais; sagrou-se vencedor, Oscar Milhomem Fonseca para Prefeito e Ovídio José da Silva para Vice-Prefeito. Em 01/01/1993, foi instalado no Município e dado posse aos seus primeiros Administradores, cuja Câmara Municipal teve como Presidente João Queiroz Neto.

O primeiro cidadão a nascer neste novo Município foi Jonas Ferreira da Silva.

O Padroeiro do lugar é Bom Jesus da Lapa e os festejos são comemorados no dia 28 de julho a 05 de agosto.