A denominação original da localidade foi Santa Helena, posteriormente alterada para Nova Santa Helena, para diferenciar do município já existente no estado do Paraná.

O município foi criado através da Lei Estadual n.º 6.982, de 28 de janeiro de 1998, de autoria dos deputados Jorge Abreu e José Riva, tendo Nova Santa Helena seu território desmembrado dos municípios de Itaúba e Cláudia.

Em junho de 1996 a Comissão Pró-Emancipação de Santa Helena enviou uma correspondência ao deputado Jorge Abreu, cujo teor era "a esse Poder Legislativo Estadual, a competente representação para formação do processo de criação do município de Santa Helena, na forma do artigo 13 e seguintes da Lei Complementar n.º 23 de 1º de novembro de 1992".

O documento veio assinado por João Alberto Zanetti e Dorival Lorca. Na relação de nomes da comunidade que apoiavam a consulta plebiscitária constam as seguintes assinaturas: Francisco G. da Silva, Luíz Lorca, José Attílio Dorini, Elizeu Alves Bonfim, Mauri Souza Andrade, Maria do Carmo S. Linhares, João Pinheiro, Anézio Zanetti, João Alberto Zanetti, Augusto Luíz Missasse, Samuel Oscar de Souza e tantos outros.

Nas eleições municipais de 03 de outubro de 2000, foi eleito primeiro prefeito do município o sr. Roque Carrara.

Formação Administrativa

Elevado à categoria de município com a denominação de Nova Santa Helena, pela Lei Estadual n.º 6.982, de 28-01-1998, desmembrado do município de Itaúba e Cláudia. Sede no atual distrito de Nova Santa Helena (ex-localidade). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-2001.

Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.