O território do atual município de São Félix do Xingu, localizado na zona fisiográfica do mesmo nome, fora habitado primitivamente por índios. Quanto à sua origem histórica pouco se conhece. Sabe-se, porém que foi desmembrado do município de Altamira, ex-Xingu, de onde fazia parte como distrito, nos anos de 1936 e 1937.

Entretanto, essa situação perdurou somente até 1938, quando, em virtude da extinção daquele predicado, passou a figurar como zona do distrito de Novo Horizonte, no município de Altamira.

Com o desenvolvimento da produção do arroz com casca, da borracha, da seringa e do milho, a localidade prosperou e, em 1961, emancipou-se político-administrativamente.

Formação Administrativa

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de São Félix do Xingu pela Lei Estadual n.º 2.460, de 29-12-1961, sendo desmembrado de Altamira. Sede no atual distrito de São Félix do Xingu. Constituído de 2 distritos: São Félix do Xingu e Gradaús, ambos desmembrados do município de Altamira. Instalado em 10-04-1962.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963 o município é constituído de 2 distritos: São Félix do Xingu e Gradaús. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Em divisão territorial datada de 1-VI-1995 o município aparece constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 2005 o município aparece constituído de 5 distritos: São Félix do Xingu, Taboca, Vila Ladeira Vermelha, Vila Lindoeste e Vila Nereu.

Em divisão territorial datada de 2015 o município aparece constituído de 6 distritos: São Félix do Xingu, Sudoeste, Taboca, Vila Ladeira Vermelha, Vila Lindoeste e Vila Nereu.