A localidade de São João do Araguaia surgiu no fim do século XVIII por iniciativa da capitania do Grão-Pará, para estabelecer um entreposto militar na confluência dos rios Tocantins e Araguaia. O nome São João do Araguaia foi dado por localizar-se próximo a confluência do rio Araguaia.

Por sediar um destacamento militar, característica que dava grande importância política no século XIX, a localidade atraiu moradores de Santa Teresa e de Frei Manoel Procópio do Coração de Maria. Depois foi elevada a categoria de povoado em 1901.

São João se envolveu nos acontecimentos que levaram a anexação do sudeste do Pará ao estado do Goiás, em 1908. Seu objetivo era a elevação à categoria de cidade, desligando-se de Baião. Em 1910, os líderes de São João formularam uma proposta conjunta de emancipação da região com os líderes dos principais povoados (Marabá, Conceição do Araguaya e Alcobaça) para tentarem formar o novo estado do Itacaiúnas. Temendo desdobramentos maiores, o governador do Grão-Pará aprovou em 1908 a criação do município de São João do Araguaia.

O município foi afetado pela crise da borracha na década de 1910, perdendo sua autonomia em 1922 ao ser anexado a Marabá. Na mesma ocasião, a vila teve seu nome alterado para São João da Ponta.

A exploração da castanha-do-pará ganhou força na região na década de 1930, quando também foram descobertos depósitos de gemas (cristal de rocha e diamante) no leito do rio Tocantins. Essas atividades fizeram a população local crescer substancialmente.

A exploração das gemas tem seu ápice em 1939, declinando com o tempo. Já a exploração de castanha passou por um período de baixa procura, recuperando-se na década de 1950 e permanecendo como atividade econômica importante até a década de 1980, quando foi superada pela pecuária e pela madeira.

São João do Araguaia recuperou sua autonomia política em 1961, sendo formalmente instalado em 1962.

Formação Administrativa

Elevado à categoria de vila com a denominação de São João do Araguaia, pela Lei Estadual n.º 1069, de 05-11-1908, desmembrado de Baião. Sede no atual vila de São João do Araguaia. Constituído do distrito sede. Instalado em 18-03-1962.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Pela Lei Estadual n.º 2116, de 03-11-1922, o município é extinto, sendo seu território anexado ao município de Marabá. Sob a mesma lei acima citada, ao perder a autonomia, passou a denominar-se São João da Ponta.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito já denominado São João da Ponta, figura no município de Marabá.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 3.131, de 31-10-1938, o distrito de São João da Ponta voltou a denominar-se São João do Araguaia.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de São João do Araguaia ex-São João da Ponta, permanece no município de Marabá.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960
Elevado à categoria do município com a denominação de São João do Araguaia, pela Lei Estadual n.º 2460, de 29-12-1961, desmembrado de Marabá. Sede no antigo distrito de São João do Araguaia. Constituído de 3 distritos: São João do Araguaia, Apinagés e São Raimundo do Araguaia ex-Santa Isabel do Araguaia. Desmembrado de Marabá. Instalado em 18-03-1962.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: São João do Araguaia, Apinagés e São Raimundo do Araguaia.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.

Pela Lei Estadual n.º 5448, de 10-05-1988, desmembra do município de São João do Araguaia o distrito de São Raimundo do Araguaia, para constituir novo município de Brejo Grande do Araguaia.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: São João do Araguaia e Apinagés.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.