O primeiro registro histórico da localidade, vem de Anfilóquio Câmara, que em 1941, já dava por certo a existência de um lugar com um distrito policial e um certo nível econômico conhecido por Poço Jandaíra. Antes disso, Nestor Lima teria feito um balanço da região, pelo qual foram encontrados 103 pontos de concentração populacional: povoados, arruados, fazendas e vilas, sem contudo citar Jandaíra.
O povoado de Jandaíra teria nascido como fazenda de criação e posteriormente se transformado em área de produção algodoeira, ao redor da serra da serra do Lombo ou serra Verde, à margem esquerda do rio Ceará Mirim. O poço do local, com o nome de Jandaíra, evidencia a influência das chamadas aguadas permanentes na formação de núcleos comunitários.
O povoado apresentava um ritmo de crescimento razoável, e, em dezembro de 1958, foi elevado à condição de vila. Depois de cinco anos, em 27 de dezembro de 1963, através da Lei nº 3.036, Jandaíra conquistou sua emancipação política, desmembrando-se de Lajes e tornando-se um novo município do Rio Grande do Norte.
A produção de mel de abelha Jandaíra foi outro motivo para que a localidade tivesse essa denominação, considerando que além disso, todos os anos aquela área tem elevada quantidade desse produto, sem exploração organizada ou sistemática, enquanto os caçadores é que fazem a coleta artesanal dentro dos matos, ainda de modo bastante impróprio, ou sem a tecnologia moderna.
Gentílico: jandairense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Jandaíra ex-povoado, com terras desmembra do distrito de Pedra Preta, pela lei estadual nº 2343, de 31-12-1958, subordinado ao município de Lajes.
Em divisão territorial datada de 1-VI-1950, o distrito de Jandaíra figura no município de Lajes.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Elevado à categoria de município com a denominação de Jandaíra, pela lei estadual nº 3036, de 27-12-1963, desmembrado de Lajes. Sede no antigo distrito de Jandaíra ex-povoado. Constituído do distrito sede. Instalado em 26-01-1964.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Fonte: IBGE