Por volta de 1920, transferiram-se para a região de Água Santa imigrantes italianos oriundos das regiões de Antônio Prado, Veranópolis, Garibaldi e arredores. Quando se fixaram na região, descobriram uma gruta natural, distante 2 km da atual sede do município. Dessa gruta brotava uma fonte cuja água foi considerada milagrosa: os colonizadores europeus acreditavam que ela curava várias doenças. Até hoje considerada um lugar santo, a fonte é o principal ponto turístico do município.

Formação Administrativa

Em divisões territoriais datadas de 31/12/1936 e 31/12/1937, figura no município de Passo Fundo o distrito de Água Santa.

Pela Lei Estadual nº 2.667, de 02/08/1955, o distrito de Água Santa é transferido do município de Passo Fundo para o novo município de Tapejara.

Desmembrado de Tapejara, Passo Fundo e Ciríaco, Água Santa é elevado à categoria de município pela Lei Estadual nº 8.461, de 08/12/1987. O município é instalado em 1º/01/1989, constituído do distrito-sede.

Pela Lei Municipal nº 248, de 10/12/1992, é criado o distrito de Engenho Grande.

Pela Lei Municipal nº 249, de 10/12/1992, é criado o distrito de Santo Antônio dos Pinheirinhos.

Pela Lei nº 816, 27/11/2004, é criado o distrito de São Caetano.

Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído de quatro distritos: Água Santa, Engenho Grande, Santo Antônio dos Pinheirinhos e São Caetano.

Assim permanece em divisão territorial datada de 2017.