Na região do Alto Rio Pardo no início do século passado, ocorreram as primeiras incursões dos jesuítas e seus aldeamentos. Lagoa Bonita era o local de passagem entre os municípios de Cachoeira e Soledade, através da estrada dos tropeiros. Devido a sua localização, iniciou-se o processo de colonização. Os primeiros a colonizar a região de Lagoa Bonita foram os imigrantes alemães, provenientes do Vale do Rio Pardo, como: Santa Cruz do Sul, Agudo e Cerro Branco. Esses se estabeleceram nas localidades de Linha Araçá, Arroio Grande e Várzea Grande. Já os imigrantes italianos vieram da região de Caxias e Bento Gonçalvez, se estabelecendo em Alto Pilão, Linha Melchior, Linha Francesquet e Linha Tupi.
Anterior a 1950, Lagoa Bonita, chamava-se Lagoa da Raia. O nome provinha de uma cancha de carreira que existia às margens da Lagoa. A raia da cancha localizava-se nestas imediações. A então Lagoa da Raia era em terras do Senhor Eloi de Oliveira Brito, antigo morador do local. Atualmente, a Lagoa da Raia, encontra-se dividida entre vários proprietários.
Conta-se que a cancha de carreira com cerca de 240m de comprimento era ponto de encontro de moradores das redondezas que apreciavam as corridas de cavalos. Por volta de 1950, a cancha foi desativada, pois houve um acidente com o cavaleiro João Antonio, negro forte e valente. Por ocasião da desativação da cancha, Renato de Oliveira Brito, filho de Eloi, fez lavouras de arroz no local. Visto que não existia mais a raia e o local ainda era denominada Lagoa da Raia, alguns moradores se reuniram e resolveram chamar o local de Lagoa Bonita. Dentre eles estavam Reinaldo Melchior, Eloi de Oliveira Brito e Vergílio Luchese, ascendentes de tradicionais famílias do nosso município.
Lagoa da Raia, então, passou a ser Lagoa Bonita, local de descanso para os carroceiros viajantes da época, que encontravam em suas margens a hospitalidade da bela natureza.
O Município de Lagoa Bonita do Sul foi emancipado de Sobradinho em 16 de abril de 1996, através da Lei Estadual nº 10.758, promulgada pelo Presidente da Assembléia Legislativa do Estado do Rio Grande do Sul, Dep. José Otavio Germano. O governador da época, Antônio Brito, recorreu, posicionando-se contra a emancipação, o Processo Emancipatório ficou tramitando no TSE. Em 2000, após muito trabalho da Comissão Emancipacionista e apoio da comunidade aconteceram as primeiras eleições.
Lagoa Bonita do Sul faz divisa com os Municípios de Ibarama, Sobradinho, Passa Sete, Candelária, Cerro Branco e Agudo. O município é constituido por distrito único.
Fonte: IBGE