Desde 1727, os jesuítas, juntamente com os índios tape (guarani) levantaram uma cruz para registrar o domínio na Vacaria dos Pinhais.

Quando faleceram os grandes posseiros destas terras, foram os campos arrematados, em Juizo de Ausentes, pelo capitão Antônio da Costa Ribeiro, no ano de 1764. Este não tinha descendentes e quando faleceu, os campos foram novamente os colocados em praça dos ausente e arrematados em 1787 pelo padre Bernardo Lopes da Silva, pelo tenente José Pereira da Silva e por Manoel José Leão, que repassam em 1789 ao povoador Antônio Manoel Velho que a denominou Fazenda Santo Antônio dos Ausentes.

As três sesmarias conhecidas como dos Ausentes, na medição e demarcação somaram a área, passando de dez sesmarias. Estas só foram subdivididas a partir de 1874, data de falecimento de Ignácio Manoel Velho, um dos herdeiros que manteve a área intacta, o que mais tarde, unida a outras, se tornaria o município São José dos Ausentes.

Uma das versões para o topônimo é de que poucas pessoas ficavam morando neste local por muito tempo, devido as péssimas condições climáticas. O frio era tanto que a cidade freqüentemente tinha seu povo ausente. E São José pelo padroeiro do lugar.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Ausentes (ex-povoado), pela Lei Municipal n.º 9, de 05-06-1948, subordinado ao município de Aparados da Serra (ex-Bom Jesus).

Pela Lei Municipal n.º 17, de 09-11-1948, o município de Aparados da Serra voltou a denominar-se Bom Jesus.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito permanece no município de Bom Jesus.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de São José dos Ausentes, pela Lei Estadual n.º 9.559, de 20-03-1992, desmembrado do município de Bom Jesus. Sede no atual distrito de São José dos Ausentes (ex-Ausentes). Constituído de 2 distritos: São José dos Ausentes e Silveira, ambos desmembrados do município de Bom Jesus. Instalado em 01-01-1993.

Em divisão territorial datada de 1-VI-1995, o município é constituído de 2 distritos: São José dos Ausentes e Silveira.

Pela Lei Municipal n.º 153, de 06-07-1995, foram criados os distritos de Faxinal Preto, São Gonçalo e Várzea e anexados ao município de São José dos Ausentes.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 5 distritos: São José dos Ausentes, Faxinal Preto, São Gonçalo, Silveira e Várzea.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.