O nome São Pedro das Missões é devido ao padroeiro da igreja católica, localizada no distrito. E das Missões é porque origina-se de Palmeira das Missões.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São Pedro, pela Lei Municipal n.º 731, de 28-06-1967, no município de Palmeira das Missões.

Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o distrito figura no município de Palmeira das Missões.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Pedro das Missões, pela Lei Estadual n.º 10.753, de 16-04-1996, desmembrado de Palmeira das Missões. Sede no atual distrito de São Pedro das Missões (ex-São Pedro). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-2001.

Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.