A história de Bombinhas começa muito tempo antes da colonização. Os sítios arqueológicos, inscrições rupestres, oficinas líticas e a própria denominação de locais, como a Ilha do "Macuco", atestam a existência de tribos indígenas, na sua maioria tupi, na península. A localização dos sambaquis mostram que os índios preferiam morar perto do mar e viviam da pesca e cultivo de mandioca.

No ano de 1527, Sebastião Caboto, a serviço do rei da Espanha, chegou a enseada de Zimbros , dando-lhe o nome de são Sebastião, ocasião em que levou quatro nativos brasileiros para a Europa. Entre 1748 e 1756 foram enviados para todo o litoral catarinense, cerca de 6.071 pessoas, vindas das Ilhas dos Açores, território português. Algumas famílias fixaram-se nas imediações da Enseada das Garoupas, hoje Porto Belo, dando o nome de Nova Ericeira. Tempos depois, a península passou a se chamar Porto Belo. Com eles, vieram sua cultura popular, como as técnicas de pesca, o boi na vara, o carro de boi, a olaria de cerâmica utilitária e decorativa, a renda de bilro, etc. A chegada do colonizador conduziu às mudanças de costumes e, inclusive, do modo de ocupação das terras em relação aos indígenas. Os colonizadores preferiram fixar-se nos morro e dedicaram-se sobretudo, à agricultura.


Com auto-suficiência, a comunidade plantava, pescava, fazia farinha, açúcar, café em pó e escalava o peixe para conservar. Produzia suas roupas e, também, cestos, louças de barro, sabão e óleo de peixe para a iluminação. A fabricação da canoa de um pau só também é uma arte herdada dos índios carijós. O nome se dá por ser construída em um único tronco de madeira entalhado, que ganha a forma de canoa. O garapuvú, árvore abundantemente encontrada na região é preferida em função de sua leveza e por possuir o tronco reto em seus nós. A maioria dos pescadores de Bombinhas, mantém com extraordinário capricho as canoas herdadas dos avós, muitas delas com cerca de 100 anos.


Após 1960 a população desocupou o morro, passando ocupar a parte plana; a ela se adicionou uma população flutuante, na temporada de verão. A comunidade foi beneficiada pela melhoria das estradas de rodagem, pela disponibilidade de transportes coletivos, rede de água e eletricidade. A vinda dos primeiros turistas anunciava uma transformação na localidade e uma rápida ocupação. Na década de 70 cresceu rapidamente o número de casas de praia dos veranistas, sendo que nesta etapa, outras atividades vieram complementar a renda familiar. A Cidade que vivia da pesca passou a incrementar a renda familiar através do turismo, tanto pela locação de suas residências como com estabelecimentos comerciais. A partir dos anos 90, o fluxo de turistas aumenta a cada ano, e em 1992 a população vota a favor da emancipação política de Porto Belo. Atualmente, possui boa infra-estrutura turística, com ótimos hotéis e restaurantes, além de opções de lazer e entretenimento, que fazem de Bombinhas a décima quarta cidade mais visitada do país, em viagens de lazer.