São Francisco do Sul é a terceira localidade mais antiga do Brasil, sua ocupação remonta a época dos descobrimentos. Foi descoberta em 1504 por franceses, mais especificamente pela Expedição de Binot Paulmier de Gonneville.

Em 1641, Gabriel de Lara, "Alcaide mór, Capitão mór, Povoador da villa de Nossa Senhora do Rosário da Capitania de Paranaguá", com portugueses e vicentistas, procedentes de Paranaguá, fundou a 3 de dezembro a villa de Nossa Senhora da Graça do Rio São Francisco.

Em 1658, Manoel Lourenço de Andrade, acompanhado por casais portugueses e paulistas, chegou a São Francisco, com plenos poderes, concedidos pelo Marquez de Cascaes, para povoar a terra, repartindo-a entre a sua comitiva e os que fossem chegando. Já em em 1660 obteve autonomia municipal, quando foi elevada a categoria de vila.

Finalmente em 1847 é elevada a categoria de cidade.