No início denominava-se Jaboatã, nome cuja origem está dividida em duas correntes de opinião.
Uma corrente afirma que Japoatã advem de Frei Jaboatão que dirigindo um grupo de franciscanos fundou um convento e uma igreja no lugar Riacho do Meio com a finalidade de catequizar o cacique Pocatuba e sua tribo.
Outra corrente apresenta uma versão que tem como ponto comum a catequese dos silvícolas, porém, afirmando que foram os jesuítas e não os franciscanos que fundaram a Missão Riacho do Meio, onde fundaram um convento no morro Jaboatão e perto do Monte Cruzeiro de Pedra uma igreja sob o orago de Nossa Senhora das Agonias, sendo os mesmos substituídos pelos franciscanos após a explusão daqueles pelo Marquês de Pombal.
Em 1630 a imagem de Nossa Senhora das Agonias, por ordem do Vaticano seguiu para Roma, ficando a povoação consagrada a Nossa Senhora do Desterro.
Corre pela região a crença na existência do Fabuloso Tesouro de Jaboatão deixado enterrado pelos religiosos quando abandonaram a área durante a invasão holandesa ou quando da expulsão dos jesuítas.
De concreto existe a Lei nº 583 de 23 de novembro de 1910 que promove Jaboatão à categoria de município, lei que caducou devido a não instalação do mesmo.
Em 20 de outubro de 1926 a Lei 960 guinda Jaboatão à sede municipal e rebaixa Pacatuba à categoria de povoado e distrito único.
O Decreto-Lei Estadual nº 69 cria o Distrito de Paz de Pacatuba pertencente a Japoatão.
Atendendo a legislação federal relativa a multiplicidade de topônimo, o município passou a denominar-se Japoatã, nome que foi confirmado pela Lei Estadual nº 525-A de 25 de novembro de 1953.
Gentílico: japoatãnense
Formação Administrativa
Elevado à categoria de vila com a denominação de Jaboatão, pela lei estadual nº 583, de 23-11-1910, desmembrado de Pacatuba. Sede na povoação de Pacatuba. Constituído do distrito sede.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Pela lei estadual nº 960, de 20-10-1926, transfere a sede municipal da antiga povoação de Pacatuba para a povoação de Jaboatão.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município constituído do distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, município aparece constituído de 2 distritos Jaboatão e Pacatuba.
Pelo decreto-lei estadual nº 377, de 31-12-1943, revogado pelo decreto de nº 533, de 07-12-1944, o município de Jaboatão passou a denominar-se Japoatã. Sob o mesmo decreto
o distrito de Pacatuba passou a denominar-se Pacatiba.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído do distrito Japoatã ex-Jaboatão e Pacatiba e ex-Pacatuba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela lei estadual nº 525-A, de 25-11-1953, desmembra do município de Japoatã o distrito de Pacatiba. Elevado à categoria de municípo com a denominação de Pacatuba.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alteração toponímica municipal
Jaboatão para Japoatã alterado, pelo decreto-lei estadual nº 377, de 31-12-1943, revogado pelo decreto de nº 533, de 07-12-1944.
Fonte: IBGE