O município tem sua história, de certo modo, ligada à antiga e lendária Nova Almeida, primitivamente Aldeia dos Reis Magos, fundada em 1556, pelo jesuíta padre Afonso Braz, auxiliado pelo índio Maracaiaguaçu, da tribo Termiminós, ali instalada.

A construção da Estrada de Ferro Vitória a Minas, passando pela fazenda Taquaraçu, de Cândido Vieira, deu origem à formação de um núcleo populacional às margens do Rio Fundão, assim chamado devido às suas profundas águas.

Formação Administrativa

Freguesia criada com a denominação de Nova Almeida, por Alvará, de 12-11-1757.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Nova Almeida, por Alvará de 02-01-1759. Sede na freguesia de Reis Magos. Constituído do distrito sede. Instalada em 15-06-1760.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Pela Lei n.º 1.005, de 21-10-1915, é criado o distrito de Timbuí e anexado ao município de Nova Almeida. Sob a mesma lei acima citada, a sede de Nova Almeida passou a denominar-se Timbuí.

Nos quadros de apuração do Recenseamento de I-IX-1920, o município de Timbuí é constituído de 2 distritos: Timbuí e Nova Almeida.

Pela Lei n.º 1.383, de 05-07-1923, o município e a sede Timbuí passou a denominar-se Fundão.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Fundão, Nova Almeida e Timbuí.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.941, de 11-11-1938, é transferido o distrito de Nova Almeida do município de Fundão para o de Serra. Pelo decreto acima citado, o município de Fundão adquiriu o distrito de Três Barras, desmembrado do município de Santa Tereza.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 3 distritos: Fundão, Timbuí e Três Barras.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, o distrito de Três Barras passou a denominar-se Irundi.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 3 distritos: Fundão, Irundi e Timbuí.

Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Fundão Irundi e Timbuí.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-I-1979.

Pela Lei Estadual n.º 3.609, de 13-12-1983, é criado o distrito de Praia Grande e anexado ao município de Fundão.

Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 4 distritos: Fundão, Irundi, Praia Grande e Timbuí.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.