A história de Santa Helena de Goiás começou com a chegada da família de Custódio P. Vêncio, que veio de Buriti Alegre, em 1934, com o propósito de adquirir terras para, conforme alguns historiadores, fundar uma nova cidade. Na região havia duas fazendas, a São Tomás e a Campo Alegre. Segundo o historiador César de Freitas Silva, Custódio P. Vêncio comprou a fazenda às margens do ribeirão Campo Alegre. Ele e os moradores da redondeza sonhavam com a fundação de uma cidade e partiram para executar a obra. Ainda de acordo com César Silva, Custódio já tinha até um nome em sua mente para o local: Santa Helena, em homenagem à sua protetora.

Santa Helena começou a ser construída, efetivamente, no dia 8 de outubro de 1938, quando foi realizado um grande mutirão para desmatar o local da sede do futuro município. Apesar do desejo de seu fundador, no dia 14 de outubro de 1943, a localidade passava a distrito, mas com o nome de Ipeguari, expressão indígena que significa Campo Alegre. A emancipação e a adoção do nome atual aconteceu no dia primeiro de janeiro de 1949.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Ipeguari (ex-povoado de Santa Helena) pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, subordinado ao município de Rio Verde.

No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Ipeguari figura no município de Rio Verde.

Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Helena de Goiás pela Lei Estadual n.º 191, de 20-10-1948, desmembrado de Rio Verde. Sede no atual distrito de Santa Helena (ex-povoado de Ipeguari). Constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.