A criação de São Francisco de Goiás remonta a 1740, quando garimpeiros encontraram terras férteis ao sul do garimpo de exploração de ouro na Serra dos Jaraguás, no lugar denominado Furado, hoje Fazenda Cachoeira de Santo Antônio.

De acordo com moradores locais, com o decorrer do tempo foram se formando diversas fazendas. Em uma dessas fazendas, às margens do Córrego da Raposa, pertencente a Francisco de Chagas de Assis, foi por ele construída uma capela de palha. Periodicamente, em companhia de lavradores vizinhos, ele rezava terço em louvor a São Francisco.

À medida que as terras eram cultivadas, surgia um aglomerado de casas, originando aí o povoado de São Francisco das Chagas, cujas terras foram doadas por Silvestre Francisco de Almeida, por volta de 1850, e a economia se firmava na agricultura. Mais tarde, a região passou a denominar-se Arraial de Chagas.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São Francisco das Chagas (ex-povoado) pela Lei Provincial n.º 781, de 18-11-1886, no município de Jaraguá.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, figura no município de Jaraguá o distrito de São Francisco das Chagas.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de São Francisco das Chagas passou a denominar-se Chagas.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Chagas permanece no município de Jaraguá.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Francisco de Goiás pela Lei Estadual n.º 768, de 08-09-1953, desmembrado de Jaraguá. Sede no atual distrito de São Francisco de Goiás ex-Chagas. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-I-1979.

Pela Lei Estadual n.º 9.181, de 14-05-1982, é criado o distrito de Jesúpolis e anexado ao município de são Francisco de Goiás.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído de 2 distritos: São Francisco de Goiás e Jesúpolis.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

Pela Lei Estadual n.º11.401, de 16-01-1991, é desmembrado do município de São Francisco de Goiás o distrito de Jesúpolis. Elevado á categoria de município.

Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.