A exemplo da quase totalidade das cidades localizadas na zona fisiográfica do noroeste paranaense, Inajá teve origem num patrimônio planejado e formado pela Companhia Terras Norte do Paraná, hoje Companhia Melhoramentos Norte do Paraná (CMNP).

Depois de haver fundado várias cidades e núcleos populacionais, desbravando e povoando o setentrião paranaense, a Companhia de Melhoramentos Norte do Paraná mandou medir e demarcar, em junho de 1952, a área onde surgiu o Patrimônio de Inajá.

Consta que os primeiros moradores ao se estabelecerem na região, muitos dos quais vindos da região nordeste do país, encontraram no local uma palmeira conhecida como INAJÁ na sua zona de origem, passando a chamar o lugar que escolheram para morar com esta denominação.

Um dos fatores de fixação do hjomen rural deu-se a partir da implantação de um loteamento de chácaras ao redor da cidade. Este empreendimento, objetivava principalmente a venda de pequenos lotes de terras, aos compradores interessava a proximidade com a sede municipal, pois a grande maioria destas familias, foneciam ao patrimônio produtos hortifrutigranjeiros, fartamente produzidos em seus minifundios.

Com a chegada da frente migratória, iniciou-se uma fase de progresso e atividades, construindo-se  então os fundamentos básicos da povoação, pensão, farmácia, escola e a igreja, que foi dedicada a São Pedro, padroeiro do lugar.

Os pioneiros do município de Inajá que, fizeram os primeiros capítulos de sua história são famílias descendentes de paulistas, mineiros, nordestinos, catarinenses, rio-grandenses, alemães, italianos, espanhóis, japoneses e portugueses,
Posteriormente, de acordo com a Lei Estadual N.º 106, de 13 de junho de 1955, Inajá foi elevado à categoria de Distrito, pertencente ao município de Nova Esperança. Mais tarde passou a pertencer ao Município de Paranacity. Em 25 de janeiro de 1961, de acordo com a Lei Estadual N.º 4.338, ascendeu à categoria de município, desmembrando-se do município de Paranacity, e em 15 de novembro de 1961, foi instalado oficialmente, ocosião em que foi empossado o primeiro prefeito eleito, o Sr. Antonio Henrique Phillipi.

Gentílico: Inajaense.