O município de Araquari foi colonizado basicamente por imigrantes açorianos, que chegaram no litoral catarinense entre os anos 1748 a 1756, e desde então a cultura açoriana enraizou-se e caminhou de mãos dadas com as mais diversas culturas, como no caso a indígena e a africana, ambas importantes nesta região criando assim um mosaico cultural e religioso.

Como muitas cidades litorâneas do Estado de Santa Catarina, Araquari tem seu mito fundador vinculado, ao processo de ocupação européia na América já na primeira fase das grandes navegações. Por conseguinte segundo informações obtidas nos documentos disponibilizados pela secretaria de cultura do município, sobre o surgimento do município, convencionou-se que a fundação européia de Araquari situa-se 40 anos depois do descobrimento do Brasil. O navegador espanhol Álvaro Nunes Cabeza de Vaca aportou onde hoje é Barra Velha e incentivou a exploração da região norte, até então habitada por indígenas. A expedição reuniu 250 homens da confiança de Cabeza de Vaca, 40 cavalos, alguns escravos e um grupo de índios catequizados pelos jesuítas. Um mês depois, chegavam a Araquari, que chamaram primeiro de Paranaguá Mirim ("enseada pequena", em tupi-guarani) e depois de Paraty.

Em 1658, os primeiros bandeirantes portugueses fixaram-se na região, habitada por índios carijós, mas a fundação efetiva da vila só aconteceu em 1848, quando uma nau portuguesa aportou em Paraty sob o comando de Manoel Vieira, que ali fundou uma pequena colônia. A ele teria se juntado outro pioneiro, de nome Joaquim da Rocha Coutinho. Os dois decidiram fundar uma vila, mas não conseguiram chegar a um acordo quanto ao local. O Juiz da Comarca de São Francisco decidiu em favor de Rocha Coutinho que mandou construir casas às margens do rio Parati, cercando pastagens e plantações. Sendo ambos considerados os fundadores da freguesia de Senhor Bom Jesus do Paraty em 1854, mas ainda fazendo parte do município de São Francisco do Sul. O arraial do Parati, como era chamada a localidade, pertencia a então vila de Nossa Senhora das Graças do Rio São Francisco e foi elevada à categoria de freguesia (ou distrito) pela Lei Provindical Número 375, de 8 de junho de 1854. O território compreendido entre os rios Cubatão e Itapocú no município de São Francisco foi desmembrado da Paróquia de Nossa Senhora da Graça, para formar a Freguesia Senhor Bom Jesus do Parati. A Matriz da freguesia foi construída em terras doadas por Manoel Pereira Lima e sua mulher. A emancipação política aconteceu no dia 05 de abril de 1876 e o primeiro prefeito, Francisco José Dias de Almeida foi empossado somente em 1887. Em 1923, após muitos anos de vida autônoma, Paraty perdeu a condição de município e voltou a fazer parte de São Francisco do Sul. Durante este período Parati era administrada por um Conselho Municipal (espécie de Câmara de Vereadores), composto por cinco membros: Crispim Henrique Ferreira (presidente), Jovenal Pereira Walter, Hercílio Rosa, Onofre José Bernardes e Emílio Manoel Junior. E somente em 1925, o distrito voltou à categoria de Cidade. De acordo com o Decreto Lei Nº. 941, de 31 de dezembro de 1943 e passou a chamar-se Araquari (rio de refúgio dos pássaros, em tupi-guarani), o nome foi dado em função do canal que serve de divisa entre os municípios de Araquari e São Francisco do Sul, onde em seus banhados habitavam expressiva quantidade de aves aquáticas como biguás, garças, socós, gaivotas e outros tipicamente terrestres como a araquã. Em mapas antigos, o nome é grafado como Lecori, Ancori, Lencori, Aracoary e Araquari, a grafia exata provavelmente provém de ará papagaio grande; quara ou cuara- buraco, garganta, refúgio e y água.