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A Passagem constante de tropeiros através da região onde hoje se encontra o Município fixou uma rota, conhecida como Estrada da Mata, que atravessava a parte mais estreita de um rio. Sendo a travessia feita. aí, em canoas, o local passou a ser chamado de "Passo de Canoinhas" e o rio, de Canoinhas, denominação que se estendeu à povoação que mais tarde ali se formou.
Somente em 1829 teve início a colonização. Correntes de imigrantes, vindas do Paraná e constituídas quase exclusivamente de brasileiros, interessados na extração da erva-mate, subiram o Canoinhas, detendo-se no porto onde hoje está edificada a cidade, por ser próximo ao Rio Negro, amplamente navegável, e devido à altitude e regularidade do terreno.
Segundo a tradição, foi Paula Pereira o fundador do arraial, onde posteriormente chegaram imigrantes alemães e poloneses, procedentes das localidades catarinenses de São Bento. Joinville, Campo Alegre e Blumenau.
Situado no território do Contestado, objeto de disputa entre Paraná e Santa Catarina. nos primeiros anos deste século, o povoado teve seu desenvolvimento prejudicado pelas agitações decorrentes do conflito. Contudo. alcançou sua emancipação administrativa. Em 1902, era criado pela Prefeitura do Município de Curitibanos o distrito de Santa Cruz de Canoinhas, e êste foi elevado em 1911, pela lei estadual n.º 907, à categoria de Município. com a denominação de Santa Cruz de Canoinhas. Em 1916, superada a crise do Contestado, o Município foi incorporado, em definitivo, ao Estado de Santa Catarina.
Em 1923, pela lei estadual n.º 1424, a Vila de Santa Cruz de Canoinhas passou à categoria de cidade, sob a denominação de Ouro Verde, que exaltava a riqueza do Município. a erva-mate. O decreto estadual n.º 1, de 27 de outubro de 1930, devolveu ao Município o seu primeiro topônimo, simplificando-o para Canoinhas.
A erva-mate, motivo da colonização inicial, foi durante algum tempo a atividade predominante dos habitantes, porque sua comercialização dava resultados compensadores. Até que sobreveio séria e prolongada crise no comércio ervateiro, quando, então, parte da população abandonou os ervais, dedicando-se à extração e industrialização da madeira e à agropecuária.
DIVISÃO ADMINISTRATIVA
Em 1.°-VII-1960, O Município de Canoinhas achava-se dividido em 6 distritos: Canoinhas, Bela Vista do Toldo, Felipe Schmidt Major Vieira, Paula Pereira e Três Barras. Pelas leis estaduais números 632 e 633, de 23-XII-1960, perdeu os distritos de Major Vieira e Três Barras e parte do distrito de Canoinhas. Sua área foi, assim, reduzida de 2 866 km² para, aproximadamente, 1.100 km².
A Comarca, desmembrada da de Curitibanos em 1913, pertence à 3.ª Divisão Judiciária do Estado de Santa Catarina. A cidade é desde 1940, sede de Comarca de 3.ª entrância.
Fonte: IBGE