Em 1849, uma lei do império criou o presídio Leopoldina próximo à aldeia Karajá. Localizado próximo a um porto, o presídio foi destruído pelos Karajá e reconstruído três anos depois, formando-se ali um povoado.

Com a criação da Comarca do Araguaia em 1875, o povoado logo evoluiu para distrito. O isolamento do então distrito de Santa Leopoldina levou os moradores a improvisarem meios de sobrevivência.

Em 1958, foi concedida a emancipação política do distrito, passando a chamar-se Aruanã, nome de um peixe abundante na região. Aruanã é também o nome de uma dança sagrada dos Karajá.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Santa Leopoldina, pela Lei Provincial n.º 548, de 02-08-1875, subordinado ao município de Goiás.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito figura no município de Goiás.

Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-IX-1920, o distrito aparece com a denominação de Leopoldina.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-Lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de Leopoldina passou a denominar-se Aruanã.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito já denominado Aruanã figura no município de Goiás.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.

Elevado à categoria de município com a denominação de Aruanã, pela Lei Estadual n.º 2.427, de 18-12-1958, desmembrado de Goiás. Sede no antigo distrito de Aruanã. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1959.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.