O primeiro marco para o surgimento da povoação de São Miguel do Passa Quatro foi um cemitério, em meados de 1915. Segundo informações de moradores locais, ele foi construído para sepultar os habitantes das fazendas Passa Quatro, Água Vermelha, Aborrecido e outras próximas, face à enorme distância entre aquela localidade e a cidade de Bonfim, ou mesmo a Cristianópolis, e à ineficiência dos meios de transporte.

Por volta de 1928, com o cemitério totalmente construído, começaram a surgiu as primeiras casas em volta do local. Os fazendeiros das redondezas decidiram levantar ali uma povoação em louvor a São Miguel Arcanjo. A referência que se dava à povoação já era o Rio Passa Quatro, razão pela qual, com o uso, o povoado passou a ser denominado pelo povo como São Miguel do Passa Quatro.

De acordo com a prefeitura, Felipe Luiz de Carvalho, popularmente conhecido como Felipe da Costa, e sua esposa, Antônia Pinto de Carvalho, teriam adquirido as terras onde hoje está situada a cidade. Eles doaram essas terras à igreja, para então erguer o povoado. Porém, a aquisição teria sido verbal, e somente cerca de dez anos depois se cogitou de providenciar a documentação. Pelos documentos arquivados na Paróquia de Nossa Senhora do Bonfim, em Silvânia, na data de 22 de setembro de 1939, quando o patrimônio foi oficialmente inaugurado com a primeira missa, a povoação já contava com 20 casas.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São Miguel (ex-povoado) pela Lei Estadual n.º 8.091, de 14-05-1976, anexado ao município de Silvânia.

Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o distrito de São Miguel figura no município de Silvânia.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.

Elevado à categoria de município com a denominação de São Miguel do Passa Quatro pela Lei Estadual n.º 10.432, de 09-01-1988, desmembrado de Silvânia. Sede no atual distrito São Miguel do Passa Quatro (ex-Passa Quatro). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.

Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.