O topônimo Nova Lacerda é homenagem ao advogado e político José Lacerda, natural de tradicional família de Cáceres, em Mato Grosso. A denominação da cidade foi dada pelo paraguaio Rafael Villalva, pioneiro da localidade.
O termo "Nova" foi acrescentado para diferenciá-lo do topônimo Pontes e Lacerda, município vizinho, comumente chamado de Lacerda pelos viajantes e pelos moradores do lugar, e não pelo nome completo Pontes e Lacerda.
O município de Nova Lacerda foi criado através da Lei Estadual nº 6.722, de 26 de dezembro de 1995, com território desmembrado dos municípios de Comodoro e Vila Bela da Santíssima Trindade.
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