O Rio Grande do Sul, inicialmente denominado de Continente de São Pedro era habitado por indígenas. Com a crescente penetração de pessoas que tinham por objetivo a exploração de riquezas e a ocupação de terras surgiram as primeiras povoações.
A partir de 1830, todo o território desta região pertencia ao município de Santo Antônio da Patrulha, o qual era ligado à capital por uma estrada geral. Neste percurso os fazendeiros abriam picadas e caminhos, e consequentemente, pequenos núcleos de pessoas.
O excesso de pretendentes nas colônias Conde d Eu e Dona Izabel, obrigou a inspetoria geral de colonização a planejar a criação de novas colônias. Exemplo disso foi a Colônia de Alfredo Chaves instalada, em 1884, num local conhecido como Roça Reiuna.
O objetivo do governo era povoar as regiões que ainda não eram colonizadas e, com recursos do governo imperial, foi criada a Colônia de Alfredo Chaves sob direção do Engenheiro Dr. Júlio da Silva Oliveira primeiro administrador chefe designado pelo Governo Imperial que na chefia da Comissão Colonizadora iniciou a demarcação das terras e providenciou o estabelecimento dos primeiros imigrantes, auxiliado por um ajudante de ordem, quatro agrimensores, um escriturário e um colocador de imigrantes.
Segundo Longhi e Rigo, a posição geográfica da nova colônia e a riqueza do solo davam muita esperança e, apesar da distância e do isolamento, desenvolveram um progresso rápido e surpreendente.
Por volta de 1884 surge a capela de Santo Antônio de Pádua com a construção de algumas casas. A posição intermediária entre Alfredo Chaves e Capoeiras, permitiu que se tornasse um local de descanso para pouso e refeição dos carreteiros que ali passavam. Este local com o tempo passou a denominar-se Pinheiro Seco, devido ao fato de um pinheiro resistir as labaredas provocadas pelas queimadas para o plantio do milho.
Em 15-01-1898, a Colônia de Alfredo Chaves, atual Veranópolis, desmembrou-se de Lagoa Vermelha e é elevada a categoria de município, abrangendo monte Vêneto (Cotiporã), Bela Vista (Fagundes Varela), Pinheiro Seco (Vila Flores) e Capoeira (Nova Prata).
Em 1920 Pinheiro Seco passa denominar-se Vila Flores, em homenagem a família Fiori, uma das primeiras famílias que ali se estabeleceram, iniciando diversos negócios.
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Vila Flores, pela Lei Municipal n.º 240, de 30-09-1955, com território desmembrado do distrito de Fagundes Varela, subordinado ao município de Veranópolis.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Vila Flores figura no município de Veranópolis.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Elevado à categoria de município com a denominação de Vila Flores, pela Lei Estadual n.º 8.627, de 12-05-1988, desmembrado de Veranópolis. Sede no antigo distrito de Vila Flores. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.
Fonte: IBGE
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