O município de Santa Margarida do Sul foi emancipado de São Gabriel, em 2000 foi eleito o chefe do poder executivo, junto com o legislativo, que tomaram posse em janeiro de 2001.
O municipio tem sua área cortada pela BR 290, e hoje já conta com toda a infra estrutura necessária ao atendimento de sua população, principalmente na área de saúde.
O poder executivo já possui sede propria.
Fonte: IBGE
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